Ketika sakit, kebanyakan ikan akan berhenti makan. Gejala ini merupakan gejala awal dari permasalahan budidaya ikan. Salah satu upaya yang dapat dilakukan adalah dengan pemberian obat dalam pakan. Pakan yang mengandung obat ini disebut dengan Medicated Feed. Cara ini cukup umum dilakukan pada budidaya ikan dibandingkan budidaya kerang. Dan ikan hias, termasuk salah satu komoditas yang paling sering diberikan obat melalui metode ini.
Pemberian obat bersamaan dengan pakan memiliki kelebihan, disamping lebih praktis, cara ini mampu mengurangi munculnya gejala penyakit, keparahan, bahkan kematian. Pemberian obat dengan metode ini cukup efektif digunakan pada ikan yang dibudidayakan dalam wadah besar. Cara pemberiannya juga lebih aman dibandingkan injeksi ataupun perendaman. Namun demikian, pengobatan melalui pakan memiliki kekurangan yakni kurang ekonomis dan keberhasilannya bergantung pada status dan sifat dari tiap-tiap penyakit. Meskipun merupakan metode termudah untuk pengobatan pada ikan, pemberiannya harus dilakukan dengan segera dan cepat sebelum ikan sama sekali tidak makan.
Pada dasarnya berbagai agen antimikrobial termasuk antibiotik, antifungal, antiparasit bisa dipergunakan dalam formulasi pakan ikan. Sayangnya ada beberapa obat diperbolehkan dicampur dengan pakan. Pakan yang mengandung obat bisa tersedia dalam skala komersial, baik berbentuk pelet terapung maupun tenggelam. Pada pelet kering, obat sebelumnya dilarutkan dalam air atau minyak. Obat disiapkan untuk dicampur menggunakan binder atau bahan pengikat, bisa gelatin (hingga 5%), ikan, minyak sayur atau disemprotkan atau dengan melapisi pakan. Obat dan pakan harus dicampur merata sehingga menutupi pelet. Pengeringan permukaan pelet atau pelapisan dengan minyak akan mengurangi pemuruhan obat. Untuk pakan basah, obat dicampur terlebih dahulu dengan bahan pakan lalu dicetak. Jika menggunakan alat pencampur atau mikser, pelet dimasukkan terlebih dahulu, lalu obat, dan bahan pengikat. Kendala umum yang ditemukan dalam persiapan pakan bersalut obat ini adalah homogenesitas yang sulit tercapai. Apabila memungkinkan, sejumlah sampel baiknya diambil untuk melihat homogenesitas pakan. Untuk penyimpanan, sama seperti pakan ikan biasa, pakan yang mengandung obat sebaiknya disimpan pada tempat yang kering dan sejuk. Jika memungkinkan pakan diletakkan pada freezer untuk penyimpanan jangka panjang. Pakan tersebut yang sudah tidak dipakai lagi disimpan pada suhu kamar dan dibuang setelah 3-4 bulan
Pada penerapan, pemberian obat melalui pakan dapat dilakukan untuk jangka pendek maupun jangka panjang. Pengobatan melalui pakan jangka pendek umum digunakan untuk menangani infeksi bakterial. Sedangkan untuk jangka panjang dosis yang digunakan biasanya lebih rendah dan bertujuan untuk pencegahan ataupun pemicu pertumbuhan. Namun demikian, penggunaan obat khususnya antibiotik dalam pakan sebagai pencegahan tidak dianjurkan.
Pada penggunaan obat melalui pakan, terdapat beberapa faktor yang membatasi keefektifan metode ini. Pertama, secara umum, ikan tidak menyukai rasa dari pakan yang dicampur obat. Beberapa jenis obat palatabilitasnya kurang atau terasa pahit. Hal ini dapat diatasi dengan meningkatkan kadar tepung ikan hingga 16%. Peningkatan palatabilitas juga dapat dilakukan dengan menambagkan tepung hati. Kedua, pada saat sakit, secara umum ikan tidak bersemangat makan sehingga konsumsi pakan tidak banyak dan dosis obat yang diberikan bisa jadi tidak mencukupi. Jika hanya ikan aktif saja yang makan, rasio pakan harus lebih optimal dan frekuensinya diperbanyak.
Selain kedua hal tersebut, permasalahan dalam penggunaan obat yang dicampur pakan adalah larutnya obat dalam air, terutama pada obat yang melapisi permukaan pelet. Larutnya obat ini ditentukan oleh faktor kelarutan air akan suhu, bahan kimia, waktu pemberian, dan ukuran pelet. Semakin kecil pelet, potensi larutnya makin besar. Pemberian pakan ini dalam suhu tinggi akan mempengaruhi peluruhan obat. Permasalahan palatabilitas dan peluruhan ini dapat diatasi dengan menggunakan binder khusus yang mengnsung alginat sehingga obat dapat melekat hingga beberapa jam di air. Binder juga sebaiknya mengandung atraktan untuk meningkatkan palatabilitas. Binder lain yang mengandung asam lemak poliunsaturated yang distabilisasi juga dapat digunakan. Pada ikan laut, permasalahan pengobatan melalui pakan adalah turunnya bioavailabilitas dari obat seperti antibiotik tetrasiklin karena terikat dengan ion Mg dan Ca yang banyak ditemukan di air laut. Obat yang tidak larut ini akan mencemari lingkungan. Namun demikian, hal yang menarik dari ikan laut adalah kecenderungannya untuk banyak minum air dibandingkan ikan air tawar. Sehingga, meskipun di dalam saluran pencernaan obat tidak terserap bisa berperan dalam mencegah masuknya patogen.
Dari berbagai hal yang disebutkan di atas, hal lain yang perlu diperhatikan pada penggunaan antibiotik adalah catatan pada label terkait waktu luruh obat sebelum ikan dipanen dan dipasarkan. Jenis antibiotik yang digunakan juga harus mengacu pada peraturan pemerintah mengenai penggunaan obat yang diizinkan. Hal ini penting karena berkaitan dengan resistensi dan residu antibiotik pada ikan. Penggunaan obat melalui pakan juga berpotensi menimbulkan cemaran pada lingkungan melalui pakan yang tidak termakan atau hasil eliminasi pakan sebagai feses atau produk buangan melalui urin dan insang. Fraksi yang larut air akan bercampur dengan air sedangkan obat akan berasosiasi dengan bahan organik dan tenggelam di dasar kolam. Pada sedimen, faktor seperti kelarutan air, afinitas partikel organik, photostability, dan degradasi mikrobial dan chemical menentukan keberadaan obat pada sedimen.
